O termo fungo endofítico desconsidera o papel desenvolvido pelo mesmo na planta, atendo-se a designar as espécies de fungos que habitam os tecidos internos e sub-cuticulares de uma planta, por pelo menos parte do ciclo de vida (Clay 1991). Nem endófitos, nem epífitos apresentam haustórios, estrutura comum em fungos patogênicos (Petrini & Carroll 1981, Petrini 1986). Em geral, as infecções por fungos endofíticos não produzem sintomas externos, podendo estar latentes ou serem assintomáticos. Desde que os fungos endófitos estejam relacionados a patógenos virulentos e, muitas vezes, não apresentam ou são limitados nos efeitos patogênicos, pode -se considerar que os fungos patogênicos endófitos evoluíram na relação com a planta hospedeira para uma relação mutualística. Carroll & Carroll (1978) propuseram que endófitos de coníferas reduzem a palatabilidade das folhas para insetos e antagonizam alguns patógenos. Desde então, diversas evidências têm confirmado esta hipótese (e.g., Clay 1988, Carroll 1988, Clark et al. 1989, Barbosa et al. 1991, Carroll 1991, Fernandes & Price 1992, Hammon & Faeth 1992, Preszler & Price 1995, Simms & Vision 1995, Gaylord et al. 1996, Preszler et al. 1996).
A infecção por endófitos ocorre através das raízes, estômatos ou através lesões. Esses fungos podem ser passados para as plantas filhas através da infecção das sementes. Uma maior riqueza e de fungos endofíticos está relacionada à estação de chuvas. Entretanto em alguns casos, alguns desses fungos são exclusivos de certas famílias, gêneros e até espécies sofrendo menos influência do clima.
Além de fungos existem também leveduras e bactérias endofíticas.
