Hoje em dia, em urologia como em outras especialidades cirúrgicas, a cirurgia incisional está sendo substituída pela endoscópica. O acesso ao rim contendo cálculos está sendo conseguido com o uso de endoscópios  rígidos e flexíveis passados através de tubos que chegam ao rim por meio de uma pequena incisão de acesso. Esses avanços no tratamento cirúrgico de cálculos renais surgiram com o progresso obtido nas técnicas de imageamento do trato urinário por raio-x e melhorias significativas no uso de endoscópios rígidos e nos endoscópios flexíveis de fibras ópticas.

Quando o acesso ao rim é conseguido através da colocação de um pequeno tubo ou bainha, os cálculos renais podem ser removidos de diversas formas. Podem ser retirados por inteiro, com o uso de grandes pinças, ou então quebrados em pequenos fragmentos por eletrohidráulica, laser ou  ultrassom. A cirurgia percutânea de cálculos, que substitui quase que totalmente a cirurgia aberta, pode ser conseguida com um mínimo de hospitalização de 24 a 36 horas, resultando numa incisão do tamanho da ponta de um polegar. A recuperação dá-se em dois a três dias e o procedimento oferece amais alta taxa de eliminação total  de cálculos de todos os procedimentos minimamente invasivos para a remoção de grandes cálculos renais..

A cirurgia percutânea de cálculos não é para todos os pacientes com cálculos renais. É considerada o procedimento recomendado para cálculos maiores que 2 cm., os de composição dura demais para serem fragmentados por choques de onda e os localizados no rim de maneira  que os impeça de passar pelo uréter e serem fragmentados por outras. formas cirúrgicas.

 Os urologistas adotam  uma abordagem de equipe para a cirurgia percutânea de cálculos. Com o auxílio de um radiologista intervencionista, um tubo percutâneo é colocado no rim, permitindo o acesso direto ao órgão. Isso permite a drenagem do rim que pode estar inchado devido ao bloqueio causado pelo cálculo. Após colocação do tubo, o urologista usa esse trato para introduzir seus endoscópios rígidos e flexíveis e identificar o cálculo. Após identificação da pedra, existem várias opções tanto para extrair quanto para fragmentar o cálculo. Ao final, os tubos são removidos e o paciente pode então se recuperar na certeza de estar livre de cálculos renais.